Komaru Naegi, irmã mais nova de Makoto, esteve presa dentro de um apartamento misterioso por mais de um ano. Um dia, ela é resgatada, mas apenas para ver a verdade do mundo lá fora: o horror tomou conta e crianças controlam Monokumas caçadores de adultos na Cidade de Towa.

Agora, armada com uma Hacking Gun e acompanhada por Toko Fukawa, a única esperança é lutar para escapar desse pesadelo.